La Institución Educativa John F. Kennedy fue creada como escuela durante el mandato del presidente Guillermo León  Valencia construida con el aporte del programa “Alianza para el Progreso”, que fue la bandera política de Mr. John F. Kennedy.

La escuela se fundó el 23 de Agosto de 1963 con el nombre Escuela Alternada para niñas John F. Kennedy.  Posteriormente por decreto fue nombrada como Escuela Urbana alternada para niñas de Blas de Lezo John F. Kennedy.  En 1973 la escuela fue seccionada por jornadas tomando los nombres de Escuela de Niñas de Blas de Lezo John F. Kennedy Nº 1 y 2.

En el marco de la reforma educativa de 1976, a través del Decreto 088 el gobierno nacional crea las concentraciones de grado 5º y la escuela en 1977 junto con otras siete se constituyen como concentraciones de grado 5º y pasan a ser de genero mixto.

En 1985 deja de ser concentración de grado 5º y toma el nombre de concentración Mixta Oficial John F. Kennedy, abriendo sus puertas a los niños y niñas en edad escolar, impartiendo educación preescolar y básica primaria.

Durante la administración distrital de los años 94 y 99, se construyeron diez aulas para secundaria y los espacios donde funcionarían los laboratorios de física y química – biología.   En el 2002 la concentración escolar toma el nombre de Institución Educativa John F. Kennedy y amplia su cobertura hasta la media académica y en el 2004 entrega a la sociedad la primera promoción de bachilleres académicos.   En el 2006 abre sus puertas a la educación de jornada nocturna, iniciando con un numero de ocho grupos distribuidos para la Básica secundaria y la media académica.

En la actualidad, la Institución educativa ofrece el servicio educativo oficial en los niveles de educación preescolar, Básica primaria, básica secundaria y media académica; también ofrece otros servicios orientados por el equipo psicosocial de la institución en alianzas con otras instituciones: ICBF (almuerzos), Universidad de Cartagena (servicio odontológico). Y dentro del proceso de formación integral que imparte contempla la parte de recreación y cultura a través de la conformación de escuelas deportivas de taekwondo, banda marcial de paz, grupo folclórico cabildo y escuela formativa y productiva para padres de familia.